基本的なボタン機能、ヌンチャク、バランスボードあたりは、どのライブラリも対応しているようです。 問題となるのがモーションプラスです。モーションプラスを使いたいなら、今のところWiiYourself!を使うのがベストです。マネージ環境で作りたい場合はC++/CLI言語あたりを使うことをオススメします。
WiiRemoteのプログラミングに関してですが、自分で作れないわけではないので、各ライブラリを参考に作ってみるのもありかもしれません。（作ったら教えてください。）
Managed Library for Nintendo’s Wiimote
マネージ環境（.NET）でWiiRemoteが使えるようになるライブラリです。
C#やVBなど.NETでのプログラミングが得意な人はこのライブラリを使うといいかもしれません。コーディングしやすいので、簡単に色々な機能が実装できます。
使える機能ですが、モーションプラスを除いてほぼ使えるようです。 1.8β版ではモーションプラスにも対応させているようですが、角度ではなくRAWデータ（生データ）がそのまま取れるようです。
WiiYourself!
C++言語でWiiRemoteが使えるようになるライブラリです。
とても高機能なライブラリです。サンプルを動かすとコンソールになんか値が出てくるだけですが、要するにライブラリの役割としてはWiiRemote値が取れればいいのです。
使える機能ですが、私が知る上では対応してないデバイスはないように感じます。 モーションプラスにも対応しています。
WiiFlash
ActionScript（Flash環境）でWiiRemoteが使えるようになるライブラリです。
Web上でWiiRemoteを使ったコンテンツ使ってみたい方は、このライブラリをオススメします。
使える機能ですが、基本的なボタン機能、ヌンチャク、バランスボードなんかは使えるみたいです。